北京大学深圳医院原名“深圳市中心医院”，是深圳投资4.5亿元人民币建成，并于1999年8月开业的现代化综合性医院。

北京大学深圳医院目前开放病床930张，2008年门诊量210万人次，出院病人3.6万人次，收入9.3亿元。近期，深圳投资近7亿元，新建外科楼和科教楼。医院总建筑面积将达22.3万m2，病床1200张。2009年9月26日，科教楼顺利竣工并举行移交仪式。

2001年9月，深圳市与北京大学签署协议，医院更名 “北京大学深圳医院”和“北京大学深圳临床医学院”，纳入北京大学医院管理体系。医院正式更名、挂牌。

经过10年苦心经营，目前北京大学深圳医院的总资产、净资产是开业时的3倍，现代化医疗设备价值超过4亿元。引进各级、各类人才1200多名，其中副主任医师以上471名，博士学位117名，硕士学位390多名，有海外留学经历81名，北京大学的及毕业生84名。

北京大学深圳医院开设临床医技科室52个，其中重点学科1个，省级重点实验室1个，市级重点专科(实验室) 5个，院级重点学科4个。

经国家人事部批准，医院建立深圳市卫生系统首家博士后科研工作站。建立北京大学博士点3个，硕士点14个。

10年来，医院紧抓科学管理和改革创新两条主线，在办医理念、院-校合作、健康产业、支持保障、领导体制、选人用人、制度建设、医院文化等方面取得一定的创新和突破。